HƯỚNG DẪN HOÀN THUẾ ĐỐI VỚI CƠ SỞ KINH DOANH ĐÃ BỊ THU HỒI THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG CỦA DỰ ÁN ĐẦU TƯ

Ngày 29/07/2022, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 49/2022/NĐ-CP (“Nghị định 49”) sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng (“GTGT”).

Theo đó, Nghị định 49 mở rộng phạm vi các dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT, cho phép cơ sở kinh doanh (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế GTGT. Việc triển khai quy định này được thực hiện kể từ ngày Nghị định 100/2016/NĐ-CP có hiệu lực (ngày 01/07/2016). Nội dung chi tiết về Nghị định 49 đã được ATA Legal Services cập nhật tại đây.

Vừa qua, ngày 28/02/2023, Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 13/2023/TT-BTC (“Thông tư 13”) đưa ra một số hướng dẫn áp dụng Nghị định 49, trong đó có nội dung hướng dẫn cách thức, trình tự điều chỉnh tiền thuế GTGT, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế và hoàn thuế đối với các cơ sở kinh doanh đã bị thu hồi số thuế GTGT của dự án đầu tư, cụ thể như sau:

1. Trường hợp cơ quan thuế đã ban hành quyết định thu hồi tiền hoàn thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế: Cơ quan thuế ra quyết định sửa đổi, bổ sung, hủy bỏ một phần quyết định trong xử phạt vi phạm hành chính.
2. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã khai bổ sung thuế GTGT thu hồi hoàn: Cơ sở kinh doanh và cơ quan thuế lập Biên bản làm việc về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu để điều chỉnh lại số tiền thuế GTGT thu hồi hoàn, tiền chậm nộp.
3. Số tiền thuế GTGT đã bị thu hồi hoàn, số tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) đã nộp vào ngân sách nhà nước trước ngày 14/4/2023 được xử lý theo quy định theo quy định của Luật Quản lý thuế.
4. Việc hoàn trả số tiền thuế GTGT nộp thừa được thực hiện từ nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT.

Thông tư 13 có hiệu lực kể từ ngày 14/4/2023.